参考答案：《渔业法》第28条规定，违反关于禁渔区、禁渔期的规定进行捕捞的，没收渔获物和违法所得，处以罚款，并可以没收渔具，吊销捕捞许可证。根据本案的情况，渔政部门可以没收A渔业公司的渔获物和违法所得，处以罚款，并可以没收A渔业公司的渔具，吊销其捕捞许可证。
《刑法》第346条规定，单位犯本节(第六章妨害社会管理秩序罪之第六节破坏．环境资源保护罪)第338条至345条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本节各该条的规定处罚。第340条规定，违反保护水产资源法规，在禁渔区、禁渔期或者使用禁用的工具、方法捕捞水产品，情节严重的，处3年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。根据本案的情况，A渔业公司以及对非法捕捞作业直接负责的主管人员和其他直接责任人员应当承担刑事责任。对A渔业公司可以判处罚金，对有关责任人员处3年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。