A、一块农田不仅包含了生态系统中的全部生物部分，还具备了水、空气、温度等非生物因素；因此属于生态系统．

B、太湖既包括了太湖这个环境，也包括了湖泊中所有的生物，是生物与环境所形成的统一整体．符合生态系统的概念，是一个生态系统．

C、生物圈是由全部的生物部分以及生物生活的环境组成的具有一定结构功能的统一体，是最大的生态系统．

D、大海里的各种各样的生物，只是生物部分，没有非生物部分，不符合生态系统的概念，不是一个生态系统．符合题意．

故选：D