面部特征识别系统是最早使用的生物特征识别技术。它通过比较面部某些特征部位的大小和关系，例如鼻子的长度和两眼之间的距离，或是对面部区域周围的几十个点进行分析，将这些点排列成一幅图案，并与数据库中储存的图像进行比较。但这种系统的抗干扰性差，对双胞胎仍无能为力。