A、草原上所有的牛羊，只有生物部分的部分动物，没有生物部分的植物、微生物，也没有非生物部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

B、农田中全部的田鼠，只有生物部分的部分动物，没有生物部分的植物、微生物，也没有非生物部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

C、竹林中全部的竹叶青蛇，只有生物部分的部分动物，没有生物部分的植物、微生物，也没有非生物部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

D、沙漠及沙漠上全部的生物，即包括了沙漠所在的环境，又包括了环境中的所有的生物，符合生态系统的概念，是一个完整的生态系统，符合题意．

故选：D