A、泗水泉林不仅包含了生态系统中的全部生物部分，还具备了水、空气、温度等非生物因素；因此属于生态系统．故不符合题意；

B、曲阜孔林这个环境，也包括了孔林所有的生物，是生物与环境所形成的统一整体．符合生态系统的概念，是一个生态系统，故不符合题意；

C、水泊梁山是由全部的生物部分以及生物生活的环境组成的具有一定结构功能的统一体，是生态系统，故不符合题意；

D、济宁北湖的所有生物只是生物部分，没有非生物部分，不符合生态系统的概念，不是一个生态系统．符合题意．

故选：D