A、草原上所有的牛羊和青草，只包括了生物部分的部分动物和植物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

B、运河里的水草和微生物，只包括了生物部分的部分植物和微生物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

C、农田里的小麦和昆虫，只包括了生物部分的部分动物和植物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

D、石榴园景区，既包括了景区所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．

故选：D