某综合办公楼工程，地下一层设计用途为停车场；地上六层用于办公，总建筑面积11212.8m²(其中地下部分建筑面积1603.3m²，作为停车场，耐磨地面面积为1050m²)，为全现浇钢筋混凝土剪力墙结构。
甲施工单位于2008年2月参加该综合办公楼工程项目的投标，根据业主提供的工程全部施工图纸和工程量清单提出了报价。2008年3月12日，业主组织开标，甲施工单位以经济标、技术标总分第一中标该项目。
2008年3月20日，甲施工单位与业主方签订了建设工程施工合同，合同厅式为以工程量清单为基础的固定单价合同。合同约定了合同价款的调整因素，其部分内容摘要如下：
(1)分部分项工程量清单
①工程量清单漏项、错项据实调整。
②设计变更、施工洽商据实调整。
③由于工程量清单的工程数量与施工图纸之间存在差异，幅度在±2.6%之内的不予调整；超过该范围的，超出部分据实调整。
④清单中暂估价材料和设备：招标中给出暂估价的材料、设备，在施工过程中经过招标人认质认价后，据实调整差价并只计取税金。
(2)措施项目清单
投标报价中的措施费，包含了完成招标范围内全部工作内容的措施费，包干使用，不作调整。
(3)综合单价的调整
出现新增、错项、漏项的项目以及设计变更、工程洽商或原有清单工程量变化幅度不足10%的，执行原有综合单价；变化幅度超过10%的部分综合单价由承包方根据当期市场价格水平提出，经发包方确认后作为结算依据。
2008年6月17日，工程正式破土动工。
在施工过程中发生了如下事件：
事件1：合同约定的基础土方施工阶段环境保护费为8.2万元，但是由于在施工期间工程所在城市临近的某城市将要举办超大型国际性活动，对周边方圆500km以内的工程建设环境保护均提出了更为严格的要求。因此环境保护费不得不提高到了12.3万元。
事件2：工程量清单给出的地基基础工程混凝土工程量为1024m³，而根据施工图纸计算
的该分部工程中混凝土工程量为1086.6m³。本工程地基基础全部采用C40S8防水混凝土，综合单价为520元/m³。
事件3：工程量清单给出的主体结构工程楼φ板12以下的钢筋工程量为1548.6t，而根据施工图纸计算的该分部工程中楼枷12以下的钢筋工程量为1580.4t。主体结构楼板这一规格钢筋的综合单价为4000元/t。
事件4：在进行屋面防水工程施工的时候，施工方发现屋面详图的做法与相关规范的要求不一致，因此提出了工程洽商，最终重新确定了屋面防水的做法。该工程屋面防水面积为1600m²，变更前做法为一层卷材防水，变更后做法为两层卷材防水，工程量翻倍。原合同约定屋面防水卷材综合单价为100元/m²，施工时市场价格水平已经发生变化，施工单位根据当时的市场价格，确定综合单价为120元/m²，经业主审核得到批准。
事件5：在施工过程中，业主方决定将地下一层的一部分使用面积用作其他用途，为此需削减地下一层停车场面积，故此业主方通知设计单位重新进行了相关设计，并出具了设计变更书，耐磨地面面积减小为950m²。原合同约定地下停车场耐磨地面综合单价为144元/m²，施工时市场价格水平已经发生变化，市场平均价格水平为120元/m²。