A、池塘中的水草：只有植物，没有动物、细菌真菌等生物，也没有环境，不符合生态系统的概念，因此不是生态系统．故A错．

B、池塘中的鱼：只有动物，没有植物、细菌真菌等生物，也没有环境，不符合生态系统的概念，因此不是生态系统．故B错．

C、池塘中所有的生物：只有生物，没有环境，把生物与环境分割开了，也不符合生态系统的概念，因此也不是生态系统．故C错．

D、一个池塘：既包括了池塘这个环境，也包括了池塘中所有的生物，符合生态系统的概念，是一个生态系统．故D正确．

故选D