A、一块农田中的所有生物，只包括了生物部分，没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，符合题意．

B、一个养有金鱼和水草的小鱼缸，既包括了金鱼、水草等生物所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

C、一条小河，既包括了这条小河所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

D、一个植物园，既包括了植物园所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

故选：A