A、B、森林中的小鸟、池塘中的鱼，都只包括了生物部分的部分动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

C、面包上的霉菌，只包括了生物部分的部分微生物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

D、一块农田，既包括了这农田所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．

故选：D