参考答案：合同签订的日期违规。按有关规定招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，即招标人必须在2009年12月10日前与中标单位签订书面合同。

解析：
本案例第1问主要考查水利工程施工招标的要求。水利工程施工招标方式分为公开招标和邀请招标。依法必须招标的项目中，有下列情形之一的必须公开招标：国家重点水利项目；地方重点水利项目；全部使用国有资金投资的项目；国有资金投资占控股或者主导地位的项目。上述公开招标项目有下列情况之一的，经批准后可采用邀请招标：项目总投资额在3000万元人民币以上，但施工单项合同估算价低于200万元人民币；项目技术复杂，有特殊要求或涉及专利权保护，受自然资源或环境限制，新技术或技术规格事先难以确定的项目；应急度汛项目；其他特殊项目。所以业主自行决定采取邀请招标方式招标的做法不妥当。
本案例第2问主要考查投标的基本要求。投标人应当在招标文件要求提交投标文件的截止时间前，将投标文件密封送达投标地点。在招标文件要求提交投标文件的截止时间后送达的投标文件，为无效的投标文件，招标人应当拒收。投标文件签字盖章要求是：投标文件正本除封面、封底、目录、分隔页外的其他每一页必须加盖投标人单位章并由投标人的法定代表人或其委托代理人签字，已标价的工程量清单还应由注册水利工程造价工程师加盖执业印章。所以C企业和E企业的投标文件均为无效标书。
本案例第3问主要考查施工开标的要求。《招标投标法》第三十四条规定：开标应当在招标文件确定的提交投标文件截止时间的同一时间公开进行；开标地点应当为招标文件中确定的地点。第三十五条规定：开标由招标人主持，邀请所有投标人参加。所以材料中所说的在2009年10月21日开标不要，开标由当地招标投标监督管理办公室主持开标的做法不妥，应由招标人主持。
本案例第4问主要考查评标委员会成员组成问题。根据《评标委员会和评标方法暂行规定》第九条规定：评标委员会由招标人或其委托的招标代理机构熟悉相关业务的代表，以及有关技术、经济等方面的专家组成，成员人数为五人以上单数，其中技术、经济等方面的专家不得少于成员总数的三分之二。第十四条规定：评标委员会成员和与评标活动有关的工作人员不得透露对投标文件的评审和比较、中标候选人的推荐情况以及与评标有关的其他情况。前款所称与评标活动有关的工作人员，是指评标委员会以外的因参与评标监督工作或者事务性工作而知悉有关评标情况的所有人员。所以材料中评标委员会成员中有招标投标监督管理办公室人员和公证处人员不妥，招标投标监督管理办公室人员和公证处人员不可以参加评标委员会。
本案例第5问主要考查中标条件及定标办法。中标人的投标应当符合下列条件之一：①能够最大限度地满足招标文件中规定的各项综合评价标准；②能够满足招标文件的实质性要求，并且经评审的投标价格合理最低；但是投标价格低于成本的除外。在按照综合评分法评标时，因投标报价已经作为评标内容考虑在得分中，再重新单列投标报价作为中标依据显然不合理，招标人应该按综合得分先后顺序选择中标人。