A、孝昌的观音湖，既包括了这湖所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

B、孝感的双峰山，既包括了这山所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

C、云梦的蔬菜基地，既包括了此基地所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

D、安陆钱冲的古银杏群，只包括了生物部分的部分植物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，符合题意．

故选：D