C．

题目分析：A、根据不同种元素之间的本质区别是质子数不同，所以元素的种类由质子数决定；故A说法正确；B、根据金刚石与石墨，由同种分子构成的物质，不一定是单质，故B说法正确；C、根据分子中保持物质化学性质的最小粒子，原子是化学变化中的最小粒子，故C说法错误；D、根据化合物由两种或两种以上的元素组成的纯净物，所以化合物的分子中一定含有两种或两种以上的原子；故D说法正确