A、光明水库，既包括了水库所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．

B、一片草原上所有的羊，只包括了生物部分的部分动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

C、树林中的植物，只包括了生物部分的植物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

D、树林中所有的生物，只包括了生物部分，没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

故选：A