参考答案：国务院证券管理部门对飞龙公司的处罚决定合法、得当。
　　1) 根据《公司法》第210条的规定，未经有关主管部门的批准，擅自发行股票或者公司债券的，责令停止发行，退还所募资金及其利息，处以非法所募资金金额1%以上5%以下的罚款。因此本案的处罚中应当包括责令其退还所募资金的利息。
　　2) 《公司法》第157条规定，上市公司有下列情形之一的，由国务院证券管理部门决定暂停其股票上市：(一)公司股本总额、股权分布等发生变化不再具备上市条件；(二)公司不按规定公开其财务状况，或者对财务会计报告作虚假记载；(三)公司有重大违法行为；(四)公司最近 3年连续亏损。飞龙公司在发行新股的过程中有重大违法行为，国务院证券管理部门暂时停止飞龙股份有限公司股票的上市交易的决定是得当的。