参考答案：(1)基因突变分类方法有引发原因分类、碱基改变数目分类、突变方向分类、表型效应分类发生位置分类等。具体如下：
按引发原因分：①自发突变，外界诱导而发生的突变；②诱变，因为诱变剂或物理射线等因素影响而产生的突变。
按碱基改变数目分：①单点突变，仅有一个核苷酸位点发生突变。包括转换(嘌呤→嘌呤，嘧啶→嘧啶)和颠换(嘌呤→嘧啶，嘧啶→嘌呤)；②多点突变，多个位点都发生突变。
按对读码框影响分：①移码突变，插入或缺失的碱基数不是3的整数倍，改变了读码框顺序，进一步改变产物的氨基酸组成，并常有蛋白质的合成的过早终止；②非移码突变，插入或缺失碱基数是3的整数倍，产物蛋白质的氨基酸仅有几个被改变，产物有活性或有部分活性。
按遗传信息改变情况分：①同义突变(或沉默突变，某一个密码子突变成为另一个同义密码子，不影响氨基酸序列；②错义突变，某一个密码子突变成为另一个非同义密码子，影响氨基酸序列；③无义突变，某一个密码子突变成为终止密码子，过早地中断了蛋白蛋的合成。
按突变方向分：①回复突变，突变型变成野生型；②正向突变，野生型变成突变型。
据表型效应分：①形态突变，影响生物的形态；②生化突变，影响生物的代谢过程；③致死突变和条件致死突变，导致生物个体死亡，或在一定条件死亡。
按发生位置分：①体细胞突变，多细胞生物的体细胞突变比传递给后代；②生殖细胞突变，突变发生在生殖细胞中，能通过配子传递给下一代，在后代个体的体细胞和生殖细胞中产生同样的突变。
(2)Null突变：即无效突变，导致基因产物完全失效的突变，包括大片段插入，缺失或重排。
(3)Leaky突变：即渗漏突变，错义突变的产物仍有部分活性，使表型介于完全突变型和野生型之间。