A、一片草原上所有的马和羊包含了生态系统中的生物部分，缺少了生态系统中的水、空气、温度等非生物因素，因此不属于生态系统，不符合题意．

B、一个池塘中所有的鲫鱼，只包括了生物部分的部分动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

C、一块农田中的阳光、土壤、空气等无机环境，只有环境部分，没有生物部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

D、一条河流中所有的生物及其中的无机环境，包括了池塘所在的环境，也包括了环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．

故选：D