分子生物学研究中,需要配制多种试剂、标样和凝胶等,以下是实验室现有有关母液和药品:10%SDS母液;5×TBE母液;10mg/ml的溴化乙锭母液。NaCl的分子量为58.5;EcoR Ⅰ的分子量为125;BamH Ⅰ的分子量为415;EtBr的分子量为394;EDTA的分子量为416;Tris的分子量为121;HCl的分子量为36.5;琼脂糖(Agarose)的分子量为204。
请利用以上物品,进行下列实验操作:
(1)某一试剂1倍浓度的配方为0.15M Tris;200mM NaCl;pH值为8.0。请配制400毫升10倍浓度的母液(10×)。
(2)配制200毫升1%的琼脂糖胶,含1μg/ml的溴化乙锭;0.5×的TBE缓冲液。
(3)用浓度为400μg/ml的商用DNA标样配制200μL,25μg/ml的DNA分子量标样。
(4)现有浓度为25μg/ml的DNA样品,需要进行EcoR Ⅰ和BamH Ⅰ双酶切,已知这二种酶可以用同一种酶切缓冲液。请写出对200ng DNA进行酶切反应的配方,请将反应体积定在15μl。
参考答案:计算各组分用量如下:
Tris用量:10×0.15mol/L×0.400L×121g/mol=72.6g;
NaCl用量:10×200/1000mol/L×0.400L×58.5g/mol=46.8g。
配制过程:分别称取Tris 72.6g,NaCl 46.8g,置于烧杯中,加入400ml超纯水或蒸馏水溶解,用盐酸调节pH值至8.0,混匀即可。
(2)计算各组分用量如下:
琼脂糖用量:200ml×1%g/ml=2g;
溴化乙锭用量:200ml×1μg/ml÷10μg/ml=20μl;
所需TBE量:200ml×0.5÷5=20ml。
配制过程:称取2g琼脂糖放入锥形瓶中,加入180ml超纯水或蒸馏水,加入5×TBE母液20ml,用微波炉加热至沸腾3次以上(或121℃湿热灭菌15min),待溶液冷却至50~60℃,加入10mg/ml的EtBr 20μl,轻轻震荡混匀,倒入模具中即可。
(3)计算DNA用量:200μl×25÷400=12.5μl
配置过程:用移液器吸取400μg/ml的商用DNA标样12.5μl,加入187.5μl无菌超纯水(可事先灭菌),吹打均匀即可。
(4)进行酶切反应的配方如表附录5-1所示。
操作过程:将酶切体系至于37℃恒温条件反应1h后65℃加热10min,使酶变性失活终止反应。 表附录 5-1 EcoR Ⅰ 0.2μL BamH Ⅰ 0.2μL 10×buffer 1.5μL 10×BSA 1.5μL DNA 8μL(200ng) ddH2O 3.6μL