A、大沟河水库，既包括了水库所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

B、博爱农场的一群奶牛，只包括了生物部分的部分动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，符合题意．

C、蔬菜基地，既包括了此基地所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

D、王屋山国家地质森林公园，既包括了此公园所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

故选：B