参考答案：(1)甲、乙之间成立保管合同关系，乙为保管人。根据《合同法》第365条规定，保管人有返还保管物的义务。本案中由于乙之子丙的原因，造成乙无法向甲返还保管物，构成违约。根据《合同法》第121条规定，当事人一方因第三人的原因造成违约的，应当向对方承担违约责任。因此，乙应向甲承担违约责任。
(2)丙对甲的奇石有加工行为，加工而成的新物一般归原所有权人，但加工价值显然大于原材料价值的，新物归加工人所有，对原所有权人可按其财产价值予以适当补偿。本案丙对原其中一块奇石的加工价值显然大于原物价值，该石归丙所有，但丙因此获得不当利益，乙可要求丙返还。另一块奇石所有权不因加工而转移，由于无法原物返还给甲，丙对甲的损失承担侵权的损害赔偿责任。
(3)丁为善意第三人，依据《物权法》第106条规定的善意取得的制度，丁可以取得该两石的所有权，甲无权要求丁向自己返还。