参考答案：A, B, E

解析：

 第一部分协议书，包括了工程概况、工程承包范围、合同工期、质量标准、合同价款及合同生效时间；承包人向发包人承诺按照合同约定进行施工、竣工并在质量保修期内承担工程质量保修责任；发包人向承包人承诺按照合同约定的期限和方式支付合同价款及其他应当支付的款项。

第二部分通用条款，共计47条，内容包括11个方面：词语定义及合同文件；双方一般权利和义务；施工组织设计和工期；质量与检验；安全施工；合同价款与支付；材料设备供应；工程变更；竣工验收与结算；违约、索赔和争议；其他等。

第三部分专用条款，各条款的编号与排列与“通用条款”中的条款相对应，便于针对具体工程进行补充和修改。