参考答案：16400

解析： 公司委托某证券公司代理发行普通股100000股，每股面值1元，每股按1.2元的价格出售。按协议，证券公司按收入的3%计提手续费，并直接从发行收入中扣除。则A公司计入资本公积的数额为(1.2-1)×100000-1.2×100000×3%=16400(元)。