答案：C

题目分析：“罢黜百家，独尊儒术”、 在长安设太学符合汉武帝而不符合秦始皇，排除AB；统一度量衡符合秦始皇而不符合汉武帝，排除D；秦始皇曾派大将蒙恬出击匈奴，夺回河套地区，并修筑万里长城，汉武帝也曾派大将卫青、霍去病等人出击匈奴，因此选C。