参考答案：D

解析： 我国现行的工商税收与项目评估有关的按其归属分类有：进入项目总投资的有投资方向调节税、设备进口环节所交的增值税和关税。所以，选项D符合题意。选项A“车船牌照使用税”、选项B“土地使用税”属于进入产品成本的税收。此外，进入产品成本的税收还包括房产税。选项C“城市维护建设税”属于从销售收入中扣除的税收。从销售收入中扣除的税收包括增值税、消费税、营业税、资源税、城市维护建设税、土地增值税、教育费附加。此外，从利润中扣除的有企业所得税。因此，本题的正确答案为D。