参考答案：该建设单位在招标工作中有下列不妥之处：
(1)停止出售招标文件的时间不妥，因为按《办法》规定，自招标文件出售之日起至停止出售之日止，最短不得少于5个工作日。
(2)规定的投标有效期截止时间不妥，因为按《办法》规定，评标委员会提出书面评标报告后，招标人最迟应当在投标有效期结束日30个工作日前确定中标人。
(3)投标保证金数额不妥，因为按《办法》规定，投标保证金一般不得超过投标总价的2%，但最高不得超过人民币80万元。
(4)评标过程中改变评标方法不妥，因为按《招标投标法》规定，评标委员会应当按照招标文件确定的评标标准和方法进行评标。
(5)中标结果通知未中标人的时间不妥，因为按《招标投标法》规定，中标人确定后，招标人应当在向中标人发出中标通知的同时将中标结果通知所有未中标的投标人。
(6)退还投标保证金的时间不妥，因为按《办法》规定，招标人与中标人签订合同后5个工作日内，应当向未中标的投标人退还投标保证金。
(7)指定D公司作为A公司的分包单位不妥，因为按《办法》规定，招标人不得直接指定分包人。
(8)向招标投标管理部门提交报告的时间不妥，因为按《招标投标法》规定，招标人应当自确定中标人之日起15日内，向有关行政监督部门提交招标投标情况的书面报告。

解析： 本案例主要考核招标人自行组织招标的条件、必须招标的项目可以进行邀请招标的情形以及招标投标过程中若干时限规定和有关问题。
其中，特别需要注意的是开标时间、定标时间、投标有效期三者之间的关系。开标应当在招标文件确定的提交投标文件截止时间的同一时间公开进行，这一点是毫无疑问的，但何时定标、投标有效期到何时截止，有关法规并无直接规定。《工程建设项目施工招标投标办法》(简称《办法》)规定，招标文件应当规定一个适当的投标有效期，以保证招标人有足够的时间完成评标和与中标人签订合同。投标有效期从投标人提交投标文件截止之日(即开标日)起计算(第29条)，评标委员会提出书面评标报告后，招标人一般应当在15日内确定中标人，但最迟应当在投标有效期结束日30个工作日前确定(第56条)。因此，根据以上规定可以推论：即使开标当天能够定标，投标有效期也应当至少为42天(30个工作日相当于6周时间)。在实际工作中，不少招标人(包括招标代理机构)都未注意到这一点。本案例中规定的投标有效期显然不能满足这一要求。
另外，还需注意投标有效期与投标保证金有效期的区别，且“投标保证金有效期应当超出投标有效期30天(第37条)”。