参考答案：合同协议书中的合同总价与施工合同专用条款的合同总价规定不符。应当按照合同协议书中的人民币伍佰陆拾陆万捌仟元整确认合同总价。
根据《建设工程施工合同示范文本》的规定，建筑工程所涉及的合同文件主要包括以下几部分：
(1)合同协议书；
(2)中标通知书；
(3)投标书及其附件；
(4)施工合同专用条款；
(5)施工合同通用条款；
(6)标准、规范及有关技术文件；
(7)图纸；
(8)工程量清单；
(9)工程报价单或预算书。
一般来讲，各个合同文件应能相互解释，互为说明。当发生冲突时，上述合同文件的优先解释顺序为从前至后效力依次降低。也就是说，合同协议书具有最高的效力，工程报价单或预算书的效力层级最低。