参考答案：工程师指示暂停施工起因的可能情形有：
(1)外部条件的变化。如后续法规政策的变化导致工程停建、缓建，地方法规要求在某一时段内不允许施工等。
(2)发包人应承担责任的原因。如发包人未能按时完成后续施工的现场或通道的移交工作，发包人订购的设备不能按时到货，施工中遇到了有考古价值的文物或古迹需要进行现场保护等。
(3)协调管理的原因。如同时在现场的几个独立承包人之间出现施工交叉干扰，工程师需要进行必要的协调。
(4)承包人的原因。如发现施工质量不合格，施工作业方法可能危及现场或毗邻地区建筑物或人身安全等。