参考答案：

解析：区规划局和区土地部门均未按照法定程序履行相关职责，存在违反程序审批的问题。按照《城乡规划法》的规定，在城市、镇规划区内以出让方式提供国有土地使用权的，在国有土地使用权出让前，城市、县人民政府城乡规划主管部门应当依据控制性详细规划，提出出让地块的位置、使用性质、开发强度等规划条件，作为国有土地使用权出让合同的组成部分。未确定规划条件的地块，不得出让国有土地使用权。 以出让方式取得国有土地使用权的建设项目，在签订国有土地使用权出让合同后，建设单位应当持建设项目的批准、核准、备案文件和国有土地使用权出让合同，向城市、县人民政府城乡规划主管部门领取建设用地规划许可证。 建设单位应当按照规划条件进行建设；确需变更的，必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出申请。变更内容不符合控制性详细规划的，城乡规划主管部门不得批准。城市、县人民政府城乡规划主管部门应当及时将依法变更后的规划条件通报同级土地主管部门并公示。建设单位应当及时将依法变更后的规划条件报有关人民政府土地主管部门备案。 该项目没有办理规划条件、建设用地许可证，而直接取得了国有土地出让合同并办理了建设工程规划许可证，审批程序违法。 依据城乡规划法、行政许可法和其他相关法规，市人民政府应对区政府相关负责人依法给予处分。市规划部门应责令区规划部门撤销该建设工程规划许可证或者直接由市规划部门撤销该建设工程规划许可证。同时对直接负责的主管人员和其他责任人依法给予行政处分，并视具体情况追究其法律责任。 对该项目应立即责令其停止建设，对已经封顶的两栋住宅楼，由于其项目性质与规划用地性质一致，可以对其予以没收或罚款处理；对高层商业楼由于仅建设到地下1层部分，应予以全部拆除。对于住宅楼项目，应按照法定程序补办相关的规划手续。 对于该项目的后续工作，由于区政府和区规划部门存在不依法行政的情况，如给建设单位造成相关的经济损失，应视情况给予一定行政赔偿。