∵两圆的直径分别为6cm和4cm，

∴两圆的半径分别为3cm和2cm，

若两圆外切，则它们的圆心距为3+2=5（cm），

若两圆内切，则它们的圆心距为3-2=1（cm），

∴它们的圆心距为1cm或5cm．

故选C．