参考答案：D

解析： 二审案件的裁判
根据《仲裁法》第26条的规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉未声明有仲裁协议，人民法院受理后，另一方在首次开庭前提交仲裁协议的，人民法院应当驳回起诉，但仲裁协议无效的除外；另一方在首次开庭前未对人民法院受理该案提出异议的，视为放弃仲裁协议，人民法院应当继续审理。《最高人民法院关于适用(中华人民共和国仲裁法)若干问题的解释》(以下简称《仲裁法解释》)第14条规定，《仲裁法》第26条规定的“首次开庭”是指答辩期满后人民法院组织的第一次开庭审理，不包括审前程序中的各项活动。由此可见，当事人在答辩期满后人民法院组织的第一次开庭审理前未对人民法院审理本案提出异议的，视为放弃仲裁协议，人民法院享有对本案的司法管辖权。结合本题，乙公司对法院的司法管辖权提出异议是在其提起上诉时，而不是在答辩期满后人民法院组织的第一次开庭审理前，应当视为其已放弃仲裁协议。因此，法院有权对案件进行审理，根本无须对甲公司与乙公司之间的仲裁协议进行审查，选项B错误。
根据《民事诉讼意见》第186条的规定，人民法院依照第二审程序审理的案件，认为依法不应由人民法院受理的，可以由第二审人民法院直接裁定撤销原判，驳回起诉。基于上述分析可知，法院享有对本案的司法管辖权，可以依法对纠纷进行审理，因此，本案不应适用《民事诉讼意见》第186条的规定裁定撤销一审判决、驳回起诉。选项A错误。
根据《民事诉讼法》第170条的规定：“第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：(一)原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；(二)原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；(三)原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；(四)原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。原审人民法院对发回重审的案件作…判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。”可知，二审法院裁定撤销原判决，发回原审法院重审，可能基于以下两种情形：一是原判决认定基本事实不清的；二是原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的。但依据本题所述，不存在上述任何一种情形，因此，二审法院不应该裁定撤销一审判决，发回原审人民法院重审，选项C错误。
根据《民事诉讼法》第170条第1项的规定以及本题所述案情，乙公司仅是以双方签订了仲裁协议为由向二审法院提起上诉，本题并未表明其对一审判决认定事实或适用法律存有异议，结合前述分析可知，法院享有对本案的司法管辖权，因此，二审法院应当裁定驳回乙公司的上诉，维持原判决，选项D正确。
[陷阱点拨] 正确解答本题的关键在于判断当事人在上诉时提出双方之间存在仲裁协议的，是否可以排除法院的司法管辖权的问题。根据《仲裁法》第26条以及《仲裁法解释》第14条的规定可知，当事人只能在答辩期满后人民法院组织的第一次开庭审理前对法院的司法管辖权提出异议，否则应当视为其已放弃仲裁协议，法院可以对案件进行审理。因此，当事人在上诉时对法院的司法管辖权提出异议的，法院享有对案件的管辖权，可以继续对案件进行审理。把握了这一关键点，解答本题其实不难。
注意：本次民事诉讼法修改增加了对发回重审次数的限制，即二审法院发回重审的次数以一次为限。