参考答案：运河保护及申遗工作的难点有：
(1)运河传统运输功能已经改变，河道和沿河风貌发生很大变化。
(2)运河真实性和完整性受到城市现代化、农村城镇化建设的严重挑战。
(3)运河北段污染、坍塌甚至干涸状况普遍，运河旧貌不复存在。
(4)部分文物遗迹濒临消亡，运河遗产保护难度大。
(5)运河的经济利益与文明价值要求的平衡受现实因素制约大。