参考答案：

(1)对承包人资质审查的内容有：法人资格和组织机构、财务报表、人员报表、施工机械设备情况、分包计划、近5年完成同类工程项目调查、在建工程项目调查、近2年涉及的诉讼案件调查、其他资格证明。

(2)定金与预付款的区别：

①目的不同。定金的目的是为了证明合同的成立和确保合同的履行；而预付款是为了解决承包人在工程准备和材料准备中的资金问题。

②性质不同。定金是担保形式，是法律行为；而预付款是一种惯例，是约定俗成的习惯，不是法律行为。

③处理不同。定金视合同履行情况有不同的法律后果：

a．合同正常履行，定金返还；

b．合同不履行，双方都无过错，定金返还；

c．支付定金的一方不履行合同，无权获得返还定金；

d．收受定金的一方不履行合同，双倍返还定金。预付款在工程进度款中按比例以扣还的方式归还。

(3)监理工程师判定承包人索赔成立的条件：

①与合同相对照，事件已造成了承包人施工成本的额外支出，或总工期延误。

②造成费用增加或工期延误的原因，按合同约定不属于承包人承担的责任，包括行为责任或风险责任。

③承包人按合同规定的程序提交了索赔意向通知书的索赔报告。

(4)两次索赔处理： 对第一次索赔应判定索赔成立。因为：

①遇到文物时的停工应视为业主应承担的风险，不属于承包人的责任，工期索赔理由成立。

②承包人及时提供了证据资料。

③承包人及时提出了索赔申请。 监理工程师根据监理记录核实延误的天数。监理工程师签发工期变更指令。

对第二次索赔判定索赔不成立。因为施工机械故障造成工期延误是承包人自己的责任，索赔无理由。监理工程师应在收到索赔申请后28天内作出答复，表示索赔不成立。