参考答案：

解析：可以扣除。此系行使单方抵销权。运输公司丢失两件货物，并没有构成根本违约，当事天无权解除合同，也无权拒付运费，但根据前引《合同法》第99条，当事人可以主张抵销此系法定抵销权，因而×公司可以将货物丢失的损失在运费中扣除；剩余部分应当支付给运输公司。