参考答案：
1．(1)不妥之处：凭以往经验进行安全估算；
正确做法：应进行安全验算。
(2)不妥之处：质量检查员兼任施工现场安全员的工作；
正确做法：应配备专业安全生产管理人员。
(3)不妥之处：遂将专项施工方案报送总监理工程师签认；
正确做法：专项施工方案应先经甲施工单位技术负责人签认。
2．(1)妥当；
(2)主要内容：重新建立施工测量控制网；改进保护措施。
3．(1)发出《监理工程师通知单》妥当；
(2)不妥之处：签发《工程暂停令》；
理由：无权签发《工程暂停令》(或只有总监理工程师才有权签发《工程暂停令》)；
正确做法：专业监理工程师向总监理工程师报告，总监理工程师在征得建设单位同意后发出《工程暂停令》。
4．项目监理机构应重新进行复查验收，符合规定要求后，并征得建设单位同意，总监理工程师应及时签署《工程复工报审表》；不符合规定要求，责令乙施工单位继续整改。