参考答案：(1)甲公司不能按照分期缴纳出资的规定在公司成立后的两年内逐步缴足。因为《公司法》规定，采取发起方式设立的股份有限公司可以分期缴纳出资额，而募集设立的则不允许。
(2)甲公司不能申请股票上市。首先公司的股本总额应不少于人民币3000万元，而本题中只有2000万元是不符合规定的。另外，向社会公开发行的股份须达到公司股份总数的25%，而本题中甲公司公开发行的比例不足。
(3)王某的转让行为无效。公司的董事、监事、高级管理人员所持有的本公司的股份自公司股票上市交易之日起一年内不得转让。因此，本题中，甲公司的股票上市后，王某在当年即转让其所持股份，不符合法律规定。
(4)甲公司股东大会可以通过该担保事项。根据规定，上市公司股东大会在审议为股东提供的担保议案时，该股东不得参与该项表决，该项表决由出席股东大会的其他股东所持表决权的半数以上通过。本题中，接受担保的A企业未参与该项表决，该项表决由出席股东大会的其它股东所持表决权(9000万股)的半数以上通过。
(5)本题考查了《公司法》规定的股东派生诉讼制度。根据法律规定，李某起诉董事王某的行为有以下不合法之处：第一，本题中，李某连续持有股份仅为九十日(法律规定为180日)，不合法，另外，李某持有的股份仅占公司股份总额的0.9% (18/2000= 9%)，不足1%(法律规定为1%)，所以，李某不具备资格。第二，李某向监事会求助， 2006年5月20日向监事会提出书面请求，请求其向法院提起诉讼。但到2006年6月18日，时间间隔尚未达到法定的三十日，就自行起诉是不合法的。第三，李某以公司的名义起诉是不对的，而应以李某自己的名义向法院提起诉讼。
(6)陈某买卖甲公司股票的行为符合法律规定。根据《证券法》的规定，为上市公司出具审计报告的人员，自接受上市公司委托之日起至上述文件公开后5日内，不得买卖该种股票。陈某是在审计报告公布5日后买卖甲公司股票的，故符合法律规定。丁某买卖甲公司股票的行为不符合法律规定。根据《证券法》的规定，证券公司的从业人员在任期或法定期间内，不得直接或者以化名、借他人名义持有、买卖股票。丁某为E证券公司从业人员，故买卖甲公司股票不符合法律规定。
(7)B公司收购甲公司的做法存在以下不当之处：
①安排甲公司召开股东大会通过B公司收购甲公司股权事宜有不当之处。因为，B公司收购甲公司不用甲公司召开股东大会通过，股份有限公司股东的股权转让无须经过股东大会批准。
②由F企业履行报告义务和将收购协议报国务院证券监督管理机构以及证券交易所审核批准不符合法律规定。根据有关规定，收购协议签订之后，应由收购人，即B公司履行报告义务，而非F企业。此外，收购协议无须经国务院证券监督管理机构以及证券交易所批准，仅向其作出书面报告即可。
③收购协议在未获批准之前不得履行的表述不当。根据有关规定，收购协议在未作出公告前不得履行。
④收购行为完成后，B公司应当在15日内将收购情况报告国务院证券监督管理机构和证券交易所，并予公告，而非30日。
⑤B公司拟在收购行为完成3个月后转让所持甲公司股份不符合法律之规定。根据有关法律规定，收购方在收购行为完成后6个月内不得转让所持上市公司的股份。