参考答案：

工程师的处理方法：

根据《建设工程施工合同(示范文本)》约定的工程量变更价款的方法是：

(1)合同中已有适用于变更工程的价格，按公司已有的价格变更合同价款；

(2)合同中只有类似于变更工程的价格，可以参照类似变更合同价款；

(3)合同中没有适用或类似于变更工程的价格，由承包人提出适当的变更价格，经工程师确认后执行。

该项工程款最终结算时，应以建设单位和承包单位达成的协议为依据。

2．计算全费用单价并填入表5中。

3．1月份工程合同款为：500×459＝229500(元)＝22.95(万元)

1月份应扣保留金为：22.95×3%＝0.6885(万元)

1月份应付工程款为：22.95－0.6885＝22.2615(万元)

因22.2615万元＜25万元，所以工程师不予签发本月进度款。

2月份工程合同款为：1200×459＝550800(元)＝55.08(万元)

2月份应扣保留金为：55.08×3%＝1.6524(万元)

2月份应付工程款为：55.08－1.6524＝53.4276(万元)

因53.4276万元＞25万元，

工程师签发的实际付款金额为：22.2615＋53.4276＝75.6891(万元)

3月份工程合同款为：700×459＝321300(元)＝32.13(万元)

3月份应扣保留金：32.13×3%＝0.9639(万元)

3月份应付工程款为：32.13－0.9639＝31.1661(万元)

因31.1661万元＞25万元，

工程师签发的实际付款金额为31.1661万元。

4月份工程合同款为：800×459＝367200(元)＝36.72(万元)

4月份应扣保留金为：36.72×3%＝1.1016(万元)

4月份应付工程款为：36.72－1.1016＝35.6184(万元)

因35.6184万元＞25万元，

工程师签发的实际付款金额为35.6184万元。