某县城A物资供销公司，系增值税一般纳税人，2009年会计账已结。2010年2月15日企业所得税汇算清缴期限内，诚信税务师事务所受托对该公司上年度的纳税情况进行审核，出具2009年度企业所得税汇算清缴鉴证报告。注册税务师经过审核发现如下情况：
(1)2009年该物资公司全年主营业务收入 4000000元，其他业务收入100000元，全年利润总额-450000元，企业自行编制的纳税申报表中无纳税调整事项，企业所得税为零申报。全年在“管理费用”中列支业务招待费46000元。企业无工会组织。
(2)2009年底修建仓库发生运杂费合计50000元，企业账务处理为：
借：销售费用—运杂费 50000
贷：银行存款 50000
经核查，仓库尚未完工。
(3)2009年8月发出农机一批，为买方代垫运费20000元，记账凭证后附的原始凭证为运输企业开具给A物资供销公司运费发票及A物资公司开具给购买方的收据各一份。企业账务处理分别为：
①代垫费用时：
借：销售费用—代垫运费 18600
应交税费—应交增值税(进项税额)
1400
贷：银行存款 20000
②收回款项时：
借：银行存款 20000
贷：营业外收入 20000
(4)2009年10月一批水泥因管理不善完全报废，该批水泥不含税进价60000元，市场含税零售价为100000元，经公司领导批准，企业账务处理如下：
借：待处理财产损溢—待处理流动资产损溢
100000
贷：库存商品 100000
借：营业外支出 100000
贷：待处理财产损溢—待处理流动资产损溢
100000
(5)公司于2009年12月份为全体30名职工家庭财产支付商业保险费，每人1000元，合计 30000元，企业账务处理为：
借：管理费用—保险费 30000
贷：银行存款 30000
注册税务师进一步核查发现，该公司领导3人，每月收入均为5500元；中层干部4人，每月收入均为4200元；一般职工20人，每月收入均为2600元；3名新职工，每月收入均为1800元。企业按当地规定计提并上缴的社会保险费支出占工资总额的30%，其中单位和个人各负担 50%，个人负担部分包括在上述工资中。企业财务人员已按个人所得税税法规定每月代扣代缴了工资应纳个人所得税税款，全部税款均由个人负担。同时，财务人员按福利计划以14%、2.5%、2%的比例计提了职工福利费、职工教育经费、工会经费，经复核计算无误。假设，企业发生非正常损失需经税务机关审批后才能在税前扣除。
要求：
(1)扼要指出A公司存在的纳税问题。
(2)计算应补(退)各税费。
参考答案：(1)A公司存在的纳税问题：
①业务招待费
发出农机为购买方代垫运费不符合税法规定，应当作为价外收入处理，可以作为业务招待费的计算基数。
(4000000+100000620000)×5‰=20600(元)＞46000×60%=27600(元)，可以在税前扣除的业务招待费为20600元。
物资公司2009年业务招待费纳税调增额=46000-20600=25400(元)
物资公司实际发生的工资可以据实扣除。
企业未取得工会缴款专用收据不得扣除工会经费。
物资公司2009年度实际列支工资=(3×5500+4×4200+20×2600+3×1800)×12=1088400(元)
物资公司2009年度三项经费计提未使用，不得在税前扣除，应当调增应纳税所得额=1088400×(14%+2.5%+2%)=201354(元)
②物资公司修建仓库发生的运杂费用50000元，属于资本化支出，应当计入在建工程，不应在当期费用中列支，应将销售费用中包含的50000元，转入在建工程科目中，同时纳税调增50000元。
③代垫运费不符合税法规定，此运费属于物资公司的费用，收回的运费应作为销售货物的价外收入，同时可作为业务招待费限额的计算基数。零售农机是免税的，物资公司支付的运费不得抵扣进项税额。应当进项税额转出1400元，并纳税调减1400元。
④非正常损失的外购商品，不得抵扣进项税额，应当将原已抵扣的进项税额转出，企业确认的损失包括外购货物的进价及应转出的进项税额，企业按售价确认损失是错误的。进项税转出额 =60000×17%=10200(元)，转入营业外支出中的损失额=60000+10200=70200(元)，此非正常损失应当报经税务机关审批才能在申报企业所得税时扣除。本题目中企业未报经税务机关审批，所以，损失不得在税前扣除。企业应调增应纳税所得额100000元，补进项税额转出10200元。
⑤除企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费和国务院财政、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险费外，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得扣除。所以，应当纳税调增30000元，并代扣代缴个人取得商业保险所得的个人所得税。
(2)①应补(退)各税费：
企业应补缴增值税=1400+10200=11600(元)
企业应补缴城建税=11600×5%=580(元)
企业应补缴教育费附加=11600×3%=348(元)
企业应纳税所得额=-450000+25400+201354+50000-1400+100000+30000-580-348=-45574(元)
企业不需要补缴企业所得税。
②代扣代缴个人所得税有误，应补缴个人所得税。
A．2009年12月企业实际代扣代缴的个人所得税：
公司领导个人所得税(1人)=[5500-5500×(30%÷2)-2000]×15%-125=276.25(元)
中层干部个人所得税(1人)=[4200-4200×(30%÷2)-2000]×10%-25=132(元)
一般职工个人所得税(1人)=[2600-2600×(30%÷2)-2000]×5%=10.5(元)
新职工个人所得税(1人)，每月收入为1800元，不需要缴纳个税。
共计代扣代缴个人所得税=276.25×3+110.5×4+10.5×20 =1480.75(元)
B．2009年12月企业应代扣代缴的个人所得税：
公司领导个人所得税(1人)=[5500+1000-5500×(30%÷2)-2000]×15%-125=426.25(元)
中层干部个人所得税(1人)=[4200+1000-4200×(30%÷2)-2000]×15%-125=260.5(元)
一般职工个人所得税(1人)=[2600+1000-2600×(30%÷2)-2000]×10%-25=96(元)
新职工个人所得税(1人)=[1800+1000-1800×(30%÷2)-2000]×10%-25=28(元)
2009年12月应补缴个人所得税=426.25×3+260.5×4+96×20+28×3=4324.75(元)
应补缴个人所得税=4324.75-1480.75=2844(元)