某外资大型商业中心工程项目业主A与某一级施工企业B和某甲级监理公司C分别签订了工程施工合同和施工阶段监理合同，工程开工后发生了以下一些事件。
事件1：在修建国际商品展销中心工程的基础施工中，由于班组违章作业，出现使已经过监理人员检验合格的基础钢筋位移质量事故，在浇筑混凝土不久后，被监理方发现及时口头指示后书面通知承包方立即停工处理和整改。承包方按监理方指令执行，提出质量事故报告及处理方案，经监理工程师审查批准后实施。整改完成后，经监理方重新检验确认合格后，指令复工，继续进行基础混凝土施工。由此造成的经济损失由承包方承担，工期拖期不予延长，监理方还将此事故及处理情况向业主作了报告。而业主代表书面提出：出现质量事故，监理公司也应负一定责任，要求扣除1%的监理费作为罚金。
事件2：在地下管道施工中，管道铺设完毕后，承包方曾书面通知监理方要求检查管道铺设质量。但监理方收到质量验收通知单后，在合同约定的时间内并未前来检验，也未提出延期检查的书面要求。因此，承包方即将管沟予以回填。为此，监理方书面指令要求承包方将管沟重新挖开，以便检验管道质量。承包方按监理方要求对管沟进行剥露，经监理方检查后，确认管道铺设质量未达到设计图样和合同要求，也不符合标准和规范要求，管道接合部位严重漏水。因此，监理方要求承包方返工。承包方按要求进行了管道的返工处理，经监理方检验质量合格予以确认后，将管沟重新回填。为此，承包方提出除管道返工费用由于是承包方原因造成的质量不合格应自己承担外，要求发包方补偿再度剥露费用(包括重新开挖、回填以及更新由于重挖造成的部分管道损坏的费用)76000元和工期延长8天。
事件3：在修建该商业中心的东方广场和商业大厦工程中，开挖基础坑时，发现大量化石和古人类文明遗址，经有关部门及专家鉴定为远古类人猿活动遗址，有重大考古价值，经国家有关部门与业主协商决定在该处进行发掘工作，并与承包方协商后决定由承包方抽调部分力量参与文物发掘工作。经40天发掘工作基本完成。为此，承包方向发包方提出要求：补偿参与考古发掘工作的直接费48万元，由于工程暂停和延期所造成的劳力和机械设备闲置等损失32万元；补偿20%管理费和10%利润；延长工期40天。
问题
在施工过程中发现地下化石及文物后，监理单位应按照什么程序处理
