A、蛋白质在人体内酶的催化作用下，与水发生水解可生成氨基酸，但与甲醛无关，所以错误．

B、甲醛有毒，能破坏人体蛋白质的结构，使之失去生理功能，所以正确．

C、蛋白质中含有碳、氮、氧、氢等元素，代谢最终产物中应有尿酸或尿素，且氧化反应与甲醛无关，所以错误．

D、糖类在人体内酶的催化作用下，与水发生水解可生成麦芽糖或葡萄糖，蛋白质的水解产物是氨基酸，且与甲醛无关，所以错误．

故选B．