参考答案：1．该计算机软件开发公司应办理出让国有土地使用权变更登记。
2．土地登记程序：
(1)土地登记申请。该计算机软件开发公司在与该集团公司签订土地使用权转让合同后30日内，或在房屋产权变更登记15日内，向土地登记机关提出土地变更登记申请。该计算机软件开发公司申请时应提交以下材料：土地登记申请书；该计算机软件开发公司工商登记证明、公司法定代表人身份证明、个人身份证明等有关证明文件；该集团公司原国有土地使用证；该计算机软件开发公司与该集团公司签订的土地使用权转让合同，该计算机软件开发公司获得的房屋所有权证；有关土地税费缴付凭证。委托代理人申请土地登记的，还应提交授权委托书和代理人资格身份证明。
(2)地籍调查。土地登记机关根据该计算机软件开发公司提出的申请，对该宗地进行变更地籍调查，内容包括变更权属调查和变更地籍测量，主要对土地权届、面积、用途等情况进行调查。
(3)土地权属审核。土地登记机关对该计算机软件开发公司提交的证明文件、资料和变更地籍调查结果进行审核。主要包括：对申请人、转让合同、使用期限、土地价格、税费缴纳情况、土地用途、房产变更和土地面积等进行审核。
(4)注册登记。土地登记机关根据审核结果报当地人民政府，经政府批准后土地登记人员为该计算机软件开发公司填写新的土地登记卡。
(5)核发证书。土地登记机关收回并注销该集团公司原土地使用证，依据新的土地登记卡填写国有土地使用证，由土地登记机关代表政府核发给该计算机软件开发公司。
3．该计算机软件开发公司登记土地面积：
(1)该计算机软件开发公司所在建筑物独自使用面积为600m²；
(2)两家公司共有使用权面积中，该计算机软件开发公司分摊面积：
[(4000-500-800)÷(1500+5500)]×1500=578.6(m²)
[(5000-600-1000)÷(2400+8000)]×2400=784.6(m²)