参考答案：

修铁路遇到了这些困难：

1.条件恶劣，如居住条件差，天气自然条件恶劣；

2.修路困难，天气逐渐转冷，路面变成冻土，难以修路，且还有土坡等地理问题困扰；

3.粮食不足，且衣物早已破烂不堪；

4.匪帮的不停侵扰，干扰铁路部队铺设铁路、运输木柴；

5.伤寒病的传播，感染并杀死了许多健壮有为青年。