参考答案：本案的关键在于分析甲公司与乙公司协商达成的关于从土地使用权转让费中扣除3笔款项的条款是否有效或者是否可以由作为债权人的银行向法院请求撤销。
(1)对于扣除260万元担保债务的约定，根据担保法的规定，如果债务人到期不履行债务，导致担保人代其偿还债务的，担保人有权向债务人追偿。此追偿权成立的条件是，担保人已经代债务人完全履行了债务，导致该特定债权由于清偿而消灭从而使债务人得以免责，因此，就本案的实际情况看，乙公司在目前只代甲公司偿还了50万元的贷款，也就只享有50万元的追偿权，那么只能在土地使用权转让费中扣除这50万元。对于未到期的甲公司的债务，由于担保人没有代为清偿，最后的清偿主体也尚未确定，在甲公司还没有进行破产清算的情况下，乙公司无权提前请求扣除其担保的债务数额，则乙公司对甲公司的合法的追偿权还没有产生，自然也就没有先行行使权利的道理，也就是说，其余的210万元，不属于乙公司对甲公司的债权，也就不存在抵销的前提条件，乙公司与甲公司的这种约定与法律的规定不符，有恶意串通损害第三人利益之嫌，属无效约定。根据合同条款无效的有关理论，此种无效属于自始、确定的无效，任何人均可以请求法院宣告该条款无效，银行自然也有权为之。
(2)甲公司与乙公司各投资100万元成立了一个有限责任公司，则分别为该有限公司的出资人。根据公司法的有关规定，有限责任公司的出资人以出资为限对公司的债务承担责任，这是作为出资人应当承担的风险。在有限公司出现亏损的时候，任何一个出资人都不能回避责任收回投资，也不能要求其他出资人返还其出资份额。从这个角度看，甲公司与乙公司的这一约定违反公司法的强制性规定而无效，作为债权人的银行可以向法院申请确认该约定无效。
另外，这一约定还可以看成是甲公司对乙公司的赠与，从这个方面看，银行可以根据《合同法》第74条的规定，即因债务人放弃其到期债权或者无偿转让财产，对债权人造成损害的，债权人可以请求人民法院撤销债务人的行为，向法院请求撤销该约定。这两种行为均可以有效地保护银行的合法权利。
(3)根据企业承包经营的法律规定，企业承包人依法享有国家法律、法规、政策和承包经营合同规定的经营管理自主权，同时也要负担管理、运营费用，包括职工的工资，这样才符合权利义务一致性原则和公平原则。在本案中，作为承包人的乙公司，没有理由要求甲公司自行负担职工的工资，这样的约定违反民法的基本原则，应视为无效约定，从而银行可以请求法院确认该条款之无效。
另外，本条约定也可以看作是甲公司对乙公司的赠与，根据上述(2)的分析，银行可以依据《合同法》第74条的规定请求法院撤销该约定。
综上，由于甲公司与乙公司的3条约定均有违法之处，或为无效，或为可撤销，银行应当在法律规定的行使权利的期限内积极行使权利，保全自身债权，维护自己的合法权利。