参考答案：D

解析： 题干断定一：石笋是由水滴常年滴落在岩石表面而逐渐积累的矿物质形成的。
题干断定二：石笋目前露出河流水面。
石笋是怎么形成的呢是上面岩石的水滴滴下来，滴到下面的岩石上而形成的。所以逻辑关系应该是石笋开始形成在先，河流形成在后。这说明过去没有河流或者河流水很浅，岩石的表面是没有河水的，否则石笋就不可能形成了。所以题干的事实支持了“上述岩洞中地下河流的水比过去深”这个说法。
实际上本着收敛的原则，相关的事件是石笋是否露出水面的关系，与之相关的只有水的深浅。直接对应选项D。