参考答案：B

解析：

A项，根据折线图可知，2001年研究机构的基础研究经费所占比重高于2000年，错误；

B项，根据条形图可以直接判断，高校基础研究经费逐年增加，正确；

C项，2001年，高校基础经费为19亿元，所占比重在35%左右，而研究机构基础研究经费占比在60%左右，二者占比相差25%左右，经费差额约为；2010年，高校基础经费所占比重在55%左右，而研究机构基础研究经费占比在40%左右，二者相差15%左右，差额约为327.1×15%＞300×15%=45亿元，2010年二者经费差额高于2001年，错误；

D项，2000年，高校基础研究经费占全国基础研究经费的比重明显低于研究机构基础研究经费占比，所以，高校基础研究经费肯定低于研究机构基础研究经费，错误。

综上，答案选B。