参考答案：(1)设立的目的不同。民族区域自治是为解决单一制结构形式下的民族问题而实行的区域自治与民族自治相结合的制度；特别行政区自治是为解决历史遗留问题，完成祖国统一大业而在“一国两制”方针指导下赋予特别行政区享有高度自治权的制度。
(2)适用区域不同。民族区域自治的适用区域是民族自治地方；特别行政区自治的适用区域是港、澳等地区。
(3)两者的自治程度不同。特别行政区实行高度自治；民族自治地方只享有一定的自治权，特别行政区的自治程度要高于民族区域自治地方。
(4)社会制度不同。民族区域自治地方实行的是社会主义制度；而特别行政区则保持原有的资本主义制度和生活方式。
(5)法律依据不同。民族区域自治的依据是《民族区域自治法》；特别行政区自治的依据是《特别行政区基本法》。