参考答案：不合法。合并协议应该由股东会做出决议。

解析：
　　《公司法》第103条规定，股东大会行使下列职权：(1)决定公司的经营方针和投资计划；(2)选举和更换董事，决定有关董事的报酬事项；(3)选举和更换由股东代表出任的监事，决定有关监事的报酬事项； (4)审议批准董事会的报告；(5)审议批准监事会的报告；(6)审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案；(7)审议批准公司的利润分配方案和弥补亏损方案；(8)对公司增加或者减少注册资本做出决议；(9)对发行公司债券做中决议；(10)对公司合并、分立、解散和清算等事项做出决议；(11)修改公司章程。第 182条规定，公司合并或者分立，应当由公司的股东会做出决议。而本案中，董事会自行做出合并决议，因而是不合法的。