某建筑工程建筑面积205000m2，混凝土现浇结构，筏板式基础，地下3层，地上12层，基础埋深12.4m，该项工程位于繁华市区，施工场地狭小。
工程所在地区地势北高南低，地下水流从北向南。施工单位的降水方案计划在基坑南边布置单排轻型井点。
基坑开挖到设计标高后，施工单位和监理单位对基坑进行验槽，并对基底进行了钎探，发现地基东南角有约350m2软土区，监理工程师随即指令施工单位进行换填处理。
工程主体结构施工时，二层现浇钢筋混凝土阳台在拆模时沿阳台根部发生断裂，经检查发现是由于施工人员将受力主筋位置布置错误所造成的。事故发生后，业主立即组织了质量大检查，发现一层大厅梁柱节点处有露筋；已绑扎完成的楼板钢筋位置与设计图纸不符；施工人员对钢筋绑扎规范要求不清楚。
工程进入外墙面装修阶段后，施工单位按原设计完成了965m2的外墙贴面砖工作。业主认为原设计贴面砖与周边环境不协调，要求更换为大理石贴面，施工单位按业主要求进行了更换。
问题
发现基坑基底有软土后应按什么工作程序进行基底处理
