参考答案：C

解析： 依题意，该文件规定申请三级资质的企业从事系统集成业务的时间不少于两年。而申请二级资质的企业取得计算机信息系统集成企业三级资质的时间不少于一年。由此可知，申请二级资质的企业从事系统集成业务的时间不少于3年。