参考答案：验收委员会(专家组)有权：(1)要求业主单位、监理单位及承建单位对开发过程中的有关问题进行说明：(2)决定应用软件开发项目是否通过验收。
如果验收未通过，则承建单位根据验收评审意见修复有关问题，后重新进行验收；或者转入合同争议处理程序。

解析： 对于“验收委员会(专家组)的主要权限是什么”这个问题，至少应该回答出“决定软件是否通过验收”。进而应该想到验收过程中验收委员会成员总会提出有关问题的，所以他们有权要求业主单位、监理单位及承建单位对开发过程中的有关问题进行说明。对于“如果验收未通过该怎么处理”这个问题，很容易想出“进行整改、再次验收”这层意思。但稍微仔细思考一下就会觉得很不够了，因为再次甚至多次整改和验收都仍有可能通不过，总不能这样无限循环下去。所以，对于本问题存在两个出口：或者经过一次验收或再次验收后通过；或者在验收通不过的情况下转入合同争议处理程序。