参考答案：(1)退功臣，进文吏。
鉴于西汉权臣当政、外戚篡权的历史教训。刘秀着意防范功臣、宗室诸王及外戚专权。大多数功臣皆以列侯“奉朝请”，只享受优厚待遇，不参与政治。刘秀在退功臣的同时，多次征召“天下俊贤”，收罗天下文士充任吏职。刘秀这一“退功臣而进文吏”的政策使他能较容易地“总揽权纲”，同时形成以儒生为主的官僚政治人才基础。
(2)加强尚书台，削弱三公权利。
“虽置三公，事归台阁”，由尚书典守机密，出纳王命，使全国政务都经尚书台，最后总揽于皇帝。
(3)加强监察机构，强化监察制度。
为了实行对政府行政的有效监督，刘秀在继承秦和西汉监察制的基础上，组建了从中央到地方的监察机构，包括御史中丞、司隶校尉和州刺史。司隶校尉兼领一州，又为中央要职，有监察公卿的权力，再加上中央总监察机构御史台、地方的州刺史，就形成了从中央到地方完整的强有力的监察系统，大大稳固了东汉前期的皇权。
(4)固定州刺史治所，确定州郡县地方行政机构。
刘秀改革使刺史有固定治所，实际上成为比郡高一级的行政长官，可以处理地方政务，不通过三公即可直接上奏皇帝，这就将地方行政管理直接置于皇帝的控制之下，并逐渐形成州、郡、县三级管理制度。
(5)废除内地郡国都尉，扩大中央军队，加强军权。
刘秀在建武六年(30)下诏罢郡国都尉官，取消地方专门统帅军队的武官， * * 权归并于守、相，同时取消每年一度的“都试”制度，郡都尉的废除是东汉地方行政制度的重大变化，减少了地方官员拥兵自重的隐患，有利于加强中央集权。在削减地方兵力的同时，刘秀逐步扩大中央军队。
总之，刘秀对政府机构与职能进行调整的核心是加强皇权。通过加强尚书台的权利和强化监察机构，完成了中央政府的重建和调整工作；通过固定州刺史治所和废除郡国都尉，完成了地方政府的建制。